El Centro de Agroecología cuenta con un edificio de tres niveles, en el tercer nivel el programa de Maestría en manejo Sostenible de Agroecosistemas cuenta con un auditorio con capacidad para 100 personas, el cual está dividido por una pared plegable que si es necesario se convierte en dos aulas de 50 personas cada una, cuenta con proyecto fijo pizarrón, escritorio, sillas y mesas para los asistentes, se tiene acceso a internet inalámbrico, en él se realizan exámenes de grado, cursos y conferencias.
Aulas
En el posgrado en manejo Agroecológico de sistemas se cuenta con cuatro aulas con capacidad para 50 personas cada una, así como un aula provista con instalación eléctrica en cada mesa, para impartir cursos en donde se requiere que cada alumno tenga un equipo de cómputo y requiera energía eléctrica. Cada aula está equipada con proyecto, pizarrón, internet, sillas y mesas.
Además, se cuenta con dos salas de juntas con capacidad de 15 personas.
Biblioteca
Se cuenta con acervo bibliográfico en donde se tienen registrados diferentes libros, revistas, memorias de congresos, tesis de los alumnos, manuales, relacionado con las líneas de generación y aplicación del conocimiento de la Agroecología y temas afines.
En los espacios que se tienen asignados por la maestría en Manejo sostenible de Agroecosistemas se cuenta con 24 cubículos para profesores-investigadores del NAB e investigadores postdoctorantes, investigadores visitantes; todos equipados con escritorio, cajonera, silla ejecutiva e internet. Además, se tiene sala de maestros equipada con una cocineta, refrigerador, horno de microondas, mesas y sillas y sala de estudiantes equipada con sillones de descanso, sillas y mesas de trabajo.
Oficinas administrativas
En el Centro de Agroecológica se cuenta con dos áreas administrativas una dedicada el centro propio y la otra al programa de posgrado, en donde se tienen tres cubículos, para el coordinador, el secretario académico y el administrativo, equipados con escritorio, sillas ejecutivas, equipo de cómputo, fotocopiadora archivero y material de oficina todo en muy buen estado.
Invernaderos, Vivero, Vehículos y Equipo de Campo
En la maestría en Manejo Sostenible de Agroecosistemas se cuenta con un vivero, dos invernaderos, área de cultivos y área de reserva natural, en donde se realizan actividades académicas de rehabilitación de ecosistemas y experimentación. Ello se complementa con el uso de áreas agrícolas de los productores, en donde se instalan experimentos de campo con la participación de los productores, en una relación BUAP-productores. Además, se tienen tres vehículos para las salidas al campo, un tractor para trabajos en las zonas del BUAP Ecocampus Valsequillo.
Laboratorios
En el Centro de Agroecología donde se encuentra operando la maestría en manejo Sostenible de Agroecosistemas se ubican 6 laboratorios: Sistemática y diagnóstico de plagas, Manejo agroecológico de plagas, Agricultura orgánica, Manejo agroeológico de suelo y agua, Manejo de la biodiversidad, Biotecnología de hongos y patología vegetal, todos equipados y con mesas de trabajo de laboratorio en muy buen estado.
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