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La Secretaría de Bienestar del Programa de SEMBRANDO VIDA a cargo de la Subsecretaría de Planeación, Evaluación y Desarrollo Regional estableció colaboración en los ámbitos de desarrollo académico, científico, productivo y de servicios con el área de posgrado del Centro de Agroecología del Instituto de Ciencias, de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (2021).
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El Centro de Desarrollo Integral Campesino de la Mixteca estableció vinculación para el objeto de diseñar y ejecutar proyectos de investigación y desarrollo tecnológico en la región Mixteca Oaxaqueña que permitió la formación de personal especializado en la maestría Manejo Sostenible de Agroecosistemas del Centro de Agroecología (CENAGRO) del Instituto de Ciencias BUAP (2012).
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El Colegio del Estado de Hidalgo inicio relaciones y acuerdos de colaboración en los ámbitos de desarrollo académico, científico, cultural y productivo con el Centro de Agroecología del Instituto de Ciencias- BUAP (2015).
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La Universidad Autónoma de Tlaxcala estableció bases y colaboración con el fin de promover movilidad estudiantil e intercambio de docentes de posgrado para fortalecer áreas estratégicas de investigación y bases uy mecanismos, para coordinar actividades conjuntas en proyectos entre programas del Centro de Investigación en Genética y Ambiente- UAT y el posgrado en Manejo Sostenible de Agroecosistemas del Centro de Agroecología del Instituto de Ciencias – BUAP (2015).
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Se tiene el Proyecto: Manejo agroecológico de plagas asociado al cultivo de amaranto en el Valle de Tehuacán, dirigido por el Dr. Agustín Aragón García, el cual está vinculado con la Asociación Civil Alternativas y Procesos del Participación Social desde 1995.
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La Universidad de Aveiro, Portugal, estableció relaciones para la cooperación en el desarrollo de la educación superior y la investigación científica a través de proyectos, intercambio de docentes, investigadores, estudiantes y otras formas de cooperación con Centro de Agroecología (CENAGRO) del Instituto de Ciencias BUAP (2015).
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La Universidad de la Rioja-España estableció relaciones de vinculación con el fin para intercambio de profesores y estudiantes como punto de continuación de cooperación científica y académicas con Centro de Agroecología (CENAGRO) del Instituto de Ciencias BUAP (2014).